Sonic Youth thu âm album thứ ba, EVOL, vào tháng 10-11, 1986. Trong thời gian lưu diễn cho album đó, ban nhạc bắt đầu viết nhạc phẩm cho album mới ("White Kross" được sáng tác trước đó, khoảng tháng 5 năm 1986). Sister được thu trên máy 16-track vào tháng 3-4, năm 1987 cùng Walter Sear tại Sear Sound, chỉ bằng thiết bị analog tube, tạo cho nó một bầu không khí "ấm", hoài cổ.[3][4]

Sister (và Daydream Nation theo sau) là album chủ đề xây dựng lỏng lẻo. Sister phần nào chịu ảnh hưởng bởi cuộc đời và tác phẩm của nhà văn khoa học viễn tưởng Philip K. Dick. Những tiêu đề dự kiến cho album là Kitty Magic, Humpy Pumpy và Sol-Fuc,[3] sau rốt cuộc cái tên Sister ("chị em") được chọn để nhắc đến người chị em sinh đôi của Dick, người đã mất sau khi ra đời chưa lâu và đã làm ông ám ảnh suốt đời.[5] "Sister" cũng là tiêu đề ban đầu của "Schizophrenia", và Thurston Moore thường giới thiệu nó là "Sister".[6]